Correlation of MKI67 with prognosis, immune infiltration, and T cell exhaustion in hepatocellular carcinoma

Wu, Shi-yi; Liao, Pan; Yan, Lu-yu; Zhao, Qian-yi; Xie, Zhao-yu; Dong, Jie; Sun, Hong-tao

doi:10.1186/s12876-021-01984-2

BMC Gastroenterology

Table 3 The correlations of MKI67 with immune cell gene markers for LIHC by GEPIA2

From: Correlation of MKI67 with prognosis, immune infiltration, and T cell exhaustion in hepatocellular carcinoma

Immune cell	Gene markers	Tumor		Tumor-sum		Normal		Tumor-sum
Immune cell	Gene markers	Cor	P value	Cor	P value	Cor	P value	Cor	P value
CD8+ T cell	CD8A	0.2	**	0.2	**	0.39	*	0.37	*
	CD8B	0.23	***			0.31	0.026
T cell	CD6	0.12	0.024	0.2	**	0.24	0.093	0.41	*
	CD3D	0.23	***			0.42	*
	CD3E	0.13	*			0.34	0.017
	SH2D1A	0.13	0.014			0.39	*
	TRAT1	0.049	0.35			0.36	*
	CD3G	0.24	***			0.35	0.013
	CD2	0.15	*			0.3	0.035
B cell	CD19	0.096	0.066	0.17	*	0.28	0.051	0.44	*
	FCRL2	0.068	0.19			0.5	**
	KIAA0125	0.052	0.32			0.52	**
	TNFRSF17	0.06	0.25			0.43	*
	SPIB	0.13	0.01			0.22	0.12
	PNOC	0.071	0.18			0.48	**
	CD79A	0.062	0.24			0.38	*
Monocyte	CD86	0.32	***	0.28	***	0.21	0.15	0.28	0.052
	CD115(CSF1R)	0.25	***			0.27	0.056
TAM	CD68	0.26	***	0.27	***	0.2	0.15	0.21	0.14
	IL10	0.21	***			0.15	0.29
M1 Macrophage	IRF5	0.31	***	0.31	***	0.13	0.37	0.07	0.63
	COX2(PTGS2)	0.078	0.14			− 0.032	0.82
M2 Macrophage	CD163	0.15	*	0.12	0.018	0.18	0.22	0.25	0.078
	MS4A4A	0.16	*			0.22	0.12
Neutrophils	FPR1	0.25	***	0.37	***	− 0.035	0.81	0.15	0.3
	SIGLEC5	0.31	***			− 0.011	0.94
	CSF3R	0.22	***			0.11	0.43
	FCGR3B	0.05	0.34			0.17	0.24
	CEACAM3	0.19	**			0.064	0.66
	CD116(ITGAM)	0.33	***			0.36	0.011
CD8+ T cell	CD8A	0.2	**	0.2	**	0.39	*	0.37	*
	CD8B	0.23	***			0.31	0.026
T cell	CD6	0.12	0.024	0.2	**	0.24	0.093	0.41	*
	CD3D	0.23	***			0.42	*
	CD3E	0.13	*			0.34	0.017
	SH2D1A	0.13	0.014			0.39	*
	TRAT1	0.049	0.35			0.36	*
	CD3G	0.24	***			0.35	0.013
	CD2	0.15	*			0.3	0.035
B cell	CD19	0.096	0.066	0.17	*	0.28	0.051	0.44	*
	FCRL2	0.068	0.19			0.5	**
	KIAA0125	0.052	0.32			0.52	**
	TNFRSF17	0.06	0.25			0.43	*
	SPIB	0.13	0.01			0.22	0.12
	PNOC	0.071	0.18			0.48	**
	CD79A	0.062	0.24			0.38	*
Monocyte	CD86	0.32	***	0.28	***	0.21	0.15	0.28	0.052
	CD115(CSF1R)	0.25	***			0.27	0.056
TAM	CD68	0.26	***	0.27	***	0.2	0.15	0.21	0.14
	IL10	0.21	***			0.15	0.29
M1 Macrophage	IRF5	0.31	***	0.31	***	0.13	0.37	0.07	0.63
	COX2(PTGS2)	0.078	0.14			− 0.032	0.82
M2 Macrophage	CD163	0.15	*	0.12	0.018	0.18	0.22	0.25	0.078
	MS4A4A	0.16	*			0.22	0.12
Neutrophils	FPR1	0.25	***	0.37	***	− 0.035	0.81	0.15	0.3
	SIGLEC5	0.31	***			− 0.011	0.94
	CSF3R	0.22	***			0.11	0.43
	FCGR3B	0.05	0.34			0.17	0.24
	CEACAM3	0.19	**			0.064	0.66
	CD116(ITGAM)	0.33	***			0.36	0.011
Central memory T cell	CCR7	0.063	0.23	0.12	0.023	0.37	*	0.38	*
	SELL	0.1	0.055			0.24	0.092
	IL7R	0.042	0.43			0.31	0.031
Resident memory T cell	CD69	0.063	0.23	0.28	***	0.3	0.037	0.25	0.075
	ITGAE	0.21	***			− 0.046	0.75
	CXCR6	0.12	0.02			0.25	0.085
	MYADM	0.27	***			− 0.092	0.52
Exhausted T cell	TIM-3(HAVCR2)	0.14	*	0.3	***	0.15	0.31	0.37	*
	PD-1 (PDCD1)	0.15	*			0.46	**
	TIGIT	0.21	***			0.34	0.015
	LAG3	0.16	*			0.15	0.31
	CXCL13	0.085	0.1			0.28	0.049
	LAYN	0.12	0.024			0.26	0.073
Resting Treg T cell	FOXP3	0.011	0.84	0.18	**	0.29	0.038	0.47	**
	IL2RA	0.2	***			0.18	0.21
Effector Treg T cell	CTLA4	0.21	***	0.27	***	0.36	*	0.4	*
	CCR8	0.23	***			0.37	*
	TNFRSF9	0.018	0.74			0.36	*

Cor, ρ value of Spearman's correlation. Tumor, single gene marker correlation analysis in LIHC tissue. Normal, single gene marker correlation analysis in normal tissue; Cor, ρ-value upon Spearman correlation. Significance levels: *P < 0.05; **P < 0.01; ***P < 0.001

Back to article page

ISSN: 1471-230X

Contact us

Submission enquiries: bmcgastroenterology@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com